Храм во имя святителя Митрофана Воронежского построен в 1760 году. Это одно из наиболее поздних сооружений монастыря, примечательное несколькими обстоятельствами. Строительство велось по распоряжению архимандрита Митрофана (в миру Шеинкова), для которого святитель Митрофан являлся небесным покровителем.

Дальнейшая история церкви отмечена двумя серьезными испытаниями. В 1812 году здание сильно пострадало от пожара и долго пребывало в запустении; повторное освящение состоялось лишь в 1819-м. Второе потрясение произошло в 1972 году, когда в еще закрытом монастыре размещались мастерские. При ремонте купола под старой кровлей обнаружили неразорвавшийся снаряд времен Великой Отечественной войны.

К счастью, обошлось без последствий, и тогда же провели основательный ремонт.